Joan Malgosa ingresó en el equipo blaugrana en octubre de 1978 como preparador físico del fútbol base. Nueve años más tarde, fue reclamado por el primer equipo para la temporada 1987/88, cuando llego Luis Aragones como relevo del cesado Terry Venables. Ejerció sus funciones hasta el año 2001. Su gran trabajo le convirtió en imprescindible en el cuadro técnico, y fue una persona muy apreciada por los jugadores