En 1999 ficha como entrenador del Cosehisa Monzón de Liga EBA, logrando en el club montisonense los mejores resultados de su historia, hasta que recibe la llamada del Joventut de Badalona para hacerse cargo del CB Prat equipo vinculado del club verdinegro. Tras un año en el equipo pratense Sito ocupa durante 3 años el banquillo del Joventut de Badalona como entrenador ayudante de Aito García Reneses. Tras este periplo Aito decide marchar a la selección nacional y el Joventut de Badalona da a Sito la oportunidad de ser el entrenador jefe del Joventut de Badalona a sus 31 años. Tras una buena primera temporada, seis derrotas consecutivas en su segundo desencadena su destitución.
En 2011 el GBC de San Sebastián le ficha, y en su primera temporada baten todos los récords históricos del club, logrando a nivel personal el premio Antonio Díaz Miguel como mejor entrenador de la temporada. Tras finalizar su contrato ficha por Bilbao Basket por dos temporadas, ampliadas a cinco tras el final de la primera. En el final de la segunda temporada Sito rompe de manera unilateral el contrato que le une a Bilbao Basket, fichando para la siguiente temporada por el Baskonia. En el club vitoriano permanece un año, alcanzando las semifinales de Copa de España, Liga y clasificando al equipo para el play-off de la Euroliga. Baskonia y Sito Alonso llegan a un acuerdo para que el entrenador madrileño fiche por el FC Barcelona para las dos siguientes temporadas. Tras clasificar como cabeza de serie en la Copa de España al club blaugrana y no conseguir buenos resultados en euroliga es destituido.
El 8 de junio de 2018 se oficializa su fichaje por el KK Cedevita croata por dos temporadas y una tercera opcional. Aunque a los 35 días como entrenador del club fue cesado junto con varios directivos. El 28 de enero de 2019, se hace oficial su regreso a la Liga Endesa para entrenar al UCAM Murcia Baloncesto hasta el final de la temporada
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